新疆医科大学药学学科创建于1978年，是新疆历史最悠久的药学人才培养基地，经过四十多年的发展，已能培养学士、硕士、博士、博士后等各层次高素质药学类专业人才。
药学一级学科2016年成为自治区“十三五”重点学科，2022年获批自治区“十四五”重点学科。药理学与毒理学ESI进入全球前1%。药学专业2008年成为国家级特色专业，2016年成为自治区级创新创业示范重点专业，2018年通过教育部药学专业认证，2019年获批国家级一流本科药学专业建设点。现有药学博士后科研流动站（2003年）、药学一级学科硕士授权点（2006年）、药学一级学科博士授权点（2011年）、药学专业学位硕士授权点（2011年）、工程硕士（制药工程）学位授权点（2014年），自主设置目录外二级学科社会管理药学、临床药学2020年开始招生，涵盖所有药学二级学科，近五年培养硕士研究生416人、博士研究生48人。
本学科紧紧围绕新疆特色药用资源开发，形成四个稳定的研究方向：1.基于药物靶点的先导化合物发现优化及成药性研究；2.以临床疾病为导向的药物活性筛选及分子基础研究；3.药物质量控制方法、新型释药技术研究及健康产品研发；4.计算机、生物信息学与药学融合，发展以天然活性成分为基础的靶点分析及计算机药物设计。
学科团队75人，高级职称46人，达到61.33%；硕士、博士学位70人，达到93.33％；博士生导师16人，达到21.33%，硕士生导师42人，达到56%。“百千万人才”国家级人选1人、“国务院特贴专家”1人、“中国药学会药学教育专业委员会委员”1人、“中国药学会药剂专业委员会委员” 1人、“天山领军人才”1人、天山英才一层次1人、二层次1人、自治区教学能手2人、校级教学名师9人、校级教学能手7人。
近三年，承担了包括国家科技部“重大新药创制”专项、国家自然科学基金、自治区重大专项、自治区重点研发等项目56项，获批科研经费7333万元；发表中文核心论文317篇，SCI论文86篇；获得省部级科研奖11项，其中新疆科技进步突出贡献奖1项、自治区科技进步二等奖4项、自治区科技进步三等奖2项、自治区青年科技奖1项、新疆药学科学技术奖3项（一等奖1项，二等奖2项）；获批发明专利11件，制定各类标准5项；注重专利和成果的转化，专利转让2项，转让经费60万元；科研成果合作开发5项，合作经费135万元。
本学科根据学科特色和区域优势，坚持“产、学、研”相结合道路，建有新疆及中亚特色医药资源教育部工程研究中心、自治区天然药物活性组分与释药技术重点实验室、新疆药物制剂工程技术中心、新疆创新药物临床前药效学评价技术平台、新疆特色药材标准化重点实验室及自治区实验教学示范中心等多个平台。分别与4家企业和研究院所成立“产、学、研”联合培养研究生示范基地；与4家医药企业建立了研究生校外实践基地；制药工程专业与企业共建硕士联合培养基地，进一步带动学科的发展。
